為適應(yīng)海南建成海洋強省行動戰(zhàn)略的需要，適應(yīng)國際、國內(nèi)海運業(yè)和漁業(yè)對航海高級人才的迫切需求，學院于2010年成立海運工程學院。 2012年學院順利通過了國家海事局船員教育和培訓質(zhì)量管理體系審核，并獲得船員教育和培訓資質(zhì)，成為海南省第一家獲準開展船員培訓的高等學府，從而構(gòu)建了以“兩航一游”為特色的航空、航海、旅游三大專業(yè)群，開創(chuàng)了海南自主培養(yǎng)高端航海人才的歷史。

    海運工程學院作為學院“兩航一游”重點學院，總計投資3500余萬元，建成了15000㎡的航海實訓中心、輪機實訓中心和水上實訓中心三個實訓中心，擁有了國內(nèi)最先進的大型360°全視景船舶操縱模擬器、30萬噸級大型油輪仿真輪機模擬器、電站模擬器等為主要設(shè)備的模擬器實訓室；以海圖資料和船舶綜合定位系統(tǒng)等為主要設(shè)備的航線設(shè)計、船舶綜合定位實訓室；以船舶主機、輔機等為主要設(shè)備的動裝拆裝和操作實訓室；以GMDSS為主要設(shè)備的船岸通信聯(lián)絡(luò)實訓室；以滿足船員專業(yè)技能適任訓練的校內(nèi)、校外實訓基地；以多媒體語音室為主要設(shè)備的英語教學情景場所以及船員遠程計算機終端無紙化考場。斥資1200余萬元購置了“亞諾49尺帆船”和“亞諾36尺帆船”兩艘法國造單體龍骨帆船，供航海類專業(yè)開展教學和培訓之用；積極引進各類經(jīng)驗豐富的高端航運人才，組建了一支既有多年航運工作經(jīng)歷，又有豐富教學經(jīng)驗的“雙師型”教學和管理團隊。

    海運工程學院現(xiàn)設(shè)航海技術(shù)、輪機工程技術(shù)、港口與航運管理三個專業(yè)，服務(wù)海南面向全球，培養(yǎng)、輸出高素質(zhì)航運技術(shù)人才。至今已為航運企業(yè)和海南（三亞）周邊地區(qū)培訓學員約6000余人次，為海南地區(qū)海船船員提供了有利的條件，同時也為地方經(jīng)濟發(fā)展做出了突出貢獻。