中藥學院是亳州學院設立的第一個二級學院，成立于2018年3月，現有中藥學、藥學、制藥工程和藥物分析4個本科專業(yè)。中藥學為省級一流專業(yè)，制藥工程專業(yè)立項為省級一流（品牌）專業(yè)，中藥學專業(yè)為校級綜合改革試點專業(yè)。

中藥學院現有藥學類、中藥學類專業(yè)在校生1389人，其中本科生1156人，中藥學專業(yè)427人，藥學專業(yè)164人，制藥工程專業(yè)479人，藥物分析專業(yè)77人。制藥工程成人高考專升本100人。以后每年招生穩(wěn)定在700人左右，在校生規(guī)模2800人。

學院下設4個教研室，1個校級研究所，4個校級工程技術研究中心。1個中藥原料產品研發(fā)安徽省高等學校重點實驗室，1個市級工程技術研究中心，1個市級重點實驗室。中藥學院實驗中心為省級實驗實訓示范中心。

中藥學院現有專任教師43人，其中正高級職稱教師11人，副高職稱7人；具有碩士以上學位教師38人，其中博士15人；安徽省教學名師1人，安徽省教壇新秀1人，安徽省高校優(yōu)秀拔尖人才3人，安徽省新興產業(yè)戰(zhàn)略領軍人才3人，皖北產業(yè)創(chuàng)新團隊帶頭人2人，亳州市拔尖人才2人，亳州市學術和技術帶頭人3人。中藥學院已基本形成一支職稱結構、學歷結構、年齡結構、學緣結構合理的師資隊伍。

學院組建中藥質量評價、天然藥物提取與性能鑒定等5個教學科研團隊，目前，承擔和完成省、市、校級課題58項（包括1項安徽省自然科學基金青年項目，2項省科技重大專項，2項市科技重大專項），承擔省級質量工程項目22項，專利授權50余項，發(fā)表論文270余篇；為企業(yè)解決白術連作障礙、亳芍種質資源收集、熟地黃傳統(tǒng)炮制工藝開發(fā)與產業(yè)化、弱堿水中藥保健品開發(fā)等生產技術難題。

學院現有實驗室面積7400平方米，30個實驗室，儀器設備700余臺套，總價值2500萬元。擁有四大實驗平臺：基礎化學實驗平臺、工程實驗平臺、藥物分析測試平臺、制藥工藝實驗平臺。與安徽濟人藥業(yè)有限公司、華佗國藥股份有限公司等30家中藥企業(yè)建立校外實踐基地。

中藥學院畢業(yè)生受到社會高度認可，就業(yè)質量高，近年來就業(yè)率均在98%以上，80%左右學生在亳州市各藥企就業(yè)。