亳州學院體育系于2011年開始招生，現(xiàn)有運動康復、體育教育兩個本科專業(yè)。體育系承擔體育專業(yè)和全校公共體育課程教學及《大學生體質(zhì)健康標準》測試等工作。

體育系下設(shè)三個教研室：運動康復教研室、公共體育教研室和體育教育教研室。

體育系擁有良好的教學設(shè)施，現(xiàn)有標準400米塑膠田徑場（主體建筑二樓有乒乓球室、瑜伽室)、標準300米塑膠田徑場、風雨操場（室內(nèi)籃球場、排球場、羽毛球場）室外籃球、排球、網(wǎng)球場地，能滿足教學、訓練和開展群體活動的需要。

體育系有一支年齡、職稱、學歷結(jié)構(gòu)較為合理，專業(yè)技術(shù)水平較高和科研能力較強的師資隊伍。現(xiàn)有教職工33人，教授3名，副教授8名，講師9名，教輔人員5人。教師隊伍中具有碩士學位21人，雙學士學位1人，一級裁判員7人。

體育系重視教育教學改革，注重學生基本功訓練，堅持以科研促教學、訓練，加強對學生實際工作能力的培養(yǎng)，逐步提高教學質(zhì)量。

2017年以來畢業(yè)生就業(yè)率均為100%。