南方醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院是原第一軍醫(yī)大學(xué)轉(zhuǎn)制移交廣東省后，于2005年6月成立的學(xué)院。2010年1月始，學(xué)院全面試行學(xué)術(shù)負(fù)責(zé)人制（PI制），2014年9月，成為南方醫(yī)科大學(xué)首批 “試點(diǎn)學(xué)院”之一。2020年1月1日起，全院實(shí)施第三輪PI制和新型本科教學(xué)管理體制。

學(xué)院秉承“創(chuàng)新引領(lǐng)發(fā)展，特色成就卓越”的理念，以特色內(nèi)涵建設(shè)、教學(xué)模式改革、多元協(xié)同創(chuàng)新發(fā)展以及體制機(jī)制創(chuàng)新“四位一體”的改革目標(biāo)為使命，更新理念，整合資源，匯聚人才，為躋身中國高校最優(yōu)秀的藥學(xué)院行列而奮斗。

學(xué)院設(shè)有8個創(chuàng)新群體，1個本科教學(xué)工作部，4個本科學(xué)系、9個教學(xué)團(tuán)隊、3個支撐中心。擁有藥學(xué)一級學(xué)科博士后科研流動站，藥學(xué)一級學(xué)科博士、碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，藥學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)以及藥學(xué)（四年制）和臨床藥學(xué)（五年制）兩個本科專業(yè)。藥學(xué)專業(yè)為廣東省名牌特色專業(yè)，2019年獲批國家首批一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，2019年10月以新標(biāo)準(zhǔn)首家通過藥學(xué)專業(yè)認(rèn)證。臨床藥學(xué)專業(yè)于2020年獲批國家級一流專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。學(xué)院建有全國藥學(xué)專業(yè)學(xué)位研究生培養(yǎng)示范基地、廣東省高等學(xué)校藥學(xué)化學(xué)實(shí)驗教學(xué)示范中心、廣東省藥學(xué)化學(xué)虛擬仿真實(shí)驗教學(xué)示范中心。現(xiàn)有國家藥品監(jiān)督管理局藥物代謝研究與評價重點(diǎn)實(shí)驗室、廣東省新藥篩選重點(diǎn)實(shí)驗室、廣東省藥品監(jiān)督管理局特殊人群藥物代謝研究與評價重點(diǎn)實(shí)驗室、廣東省新藥篩選國際聯(lián)合實(shí)驗室、廣東省國際科技合作基地、廣東省特殊膳食用食品研究生物醫(yī)學(xué)創(chuàng)新平臺、廣東省保健食品新功能和安全性評價工程技術(shù)研究中心、廣州市新發(fā)病毒防治藥物研究重點(diǎn)實(shí)驗室等重點(diǎn)科研平臺。

藥學(xué)院現(xiàn)有正式在編人員103人，專任教師81人，以中青年教師為主體。其中：正高34人，副高35人，中級12人，研究生導(dǎo)師53人，其中博士生導(dǎo)師28人，具有博士學(xué)位教師占專任教師總數(shù)90.1 %，具有留學(xué)背景的教師占比55.6 %。擁有國家杰出青年科學(xué)基金獲得者2人，科技部“中青年科技創(chuàng)新”領(lǐng)軍人才1人，“百千萬人才工程”國家級人選2人，國家優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者1人，國家重大人才工程青年學(xué)者1人，國家海外高層次人才2人，教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才”1人，享受政府特殊津貼者2人，“中國政府友誼獎”獲得者1人，廣東省醫(yī)學(xué)領(lǐng)軍人才1人，廣東省“珠江學(xué)者”特聘教授1人，廣東省“珠江學(xué)者”講座教授2人，廣東省“青年珠江學(xué)者”3人，南粵優(yōu)秀教師3人，廣東省特支計劃“百千萬工程”領(lǐng)軍人才2人，廣東省特支計劃“百千萬工程”青年拔尖人才2人，廣東省“千百十工程”國家級培養(yǎng)對2人，廣東省“千百十工程”省級培養(yǎng)對象2人，廣東省“優(yōu)秀青年教師培養(yǎng)計劃”7人，廣東省“珠江人才計劃”青年拔尖人才2人，廣州市“珠江科技新星”12人。學(xué)院教師在多個國內(nèi)外學(xué)術(shù)團(tuán)體任職，包括中國藥理學(xué)會抗炎免疫藥理專業(yè)委員會主任委員、中國藥理學(xué)會臨床藥理專業(yè)委員會副主任委員、廣東省藥理學(xué)會理事長、廣東省藥理學(xué)會侯任理事長、教育部藥學(xué)及化學(xué)類專業(yè)教學(xué)指導(dǎo)委員會委員等。

近五年來，學(xué)院先后承擔(dān)了國家科技重大專項、國家自然科學(xué)基金區(qū)域創(chuàng)新發(fā)展聯(lián)合基金重點(diǎn)支持項目、廣東省“新藥創(chuàng)制”科技重大專項、廣東省重點(diǎn)領(lǐng)域研發(fā)計劃等國家、省市級課題227項，研究經(jīng)費(fèi)1.68億元。在Signal Transduct Tar、J Extracell Vesicles、Angew Chem Int Ed、Chem Sci、Adv Sci、Adv Materil、J Med Chem、Brit J Pharmacol等國際著名期刊上發(fā)表了SCI論文580余篇，申請和獲得國家發(fā)明專利、國際PCT專利130余項，其中授權(quán)76項。獲廣東省藥理學(xué)會科技成果獎二等獎1項。獲省級教學(xué)成果獎二等獎1項。獲省級以上教育研究項目19項。發(fā)表教學(xué)論文56篇。編寫教材29部，其中主編、副主編11部。

2021年9月，藥理毒理學(xué)科進(jìn)入ESI全球排名前0.18%，化學(xué)學(xué)科進(jìn)入ESI全球排名0.78%，材料學(xué)科進(jìn)入ESI全球排名0.9% 。