南方醫(yī)科大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科建設(shè)始于1986年，是國內(nèi)較早成立生物醫(yī)學(xué)工程專業(yè)的單位。迄今已成為中國生物醫(yī)學(xué)工程一支重要的學(xué)生培養(yǎng)與研究機(jī)構(gòu)，是國內(nèi)本科生培養(yǎng)規(guī)模最大的生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)科。形成了“本科-碩士-博士-博士后”完整的人才培養(yǎng)體系。先后獲評教育部高等學(xué)校第一類特色專業(yè)，國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，廣東省攀峰重點(diǎn)學(xué)科。教育部第四輪學(xué)科評估排名B，位列獨(dú)立醫(yī)科大學(xué)首位。

學(xué)院現(xiàn)有教職員工116人，擁有長江學(xué)者特聘教授、國家級教學(xué)名師、國家級青年人才、國家優(yōu)秀青年基金獲得者、珠江學(xué)者特聘教授等為代表的一批高層次人才。

學(xué)院開設(shè)有生物醫(yī)學(xué)工程（含醫(yī)學(xué)影像工程、醫(yī)學(xué)信息工程、醫(yī)學(xué)儀器檢測、醫(yī)學(xué)物理師、醫(yī)學(xué)電子工程、生物材料等方向）本科專業(yè)與卓越創(chuàng)新班（本碩連續(xù)培養(yǎng)30人/年）。本科招生250人/年，本科生培養(yǎng)規(guī)模全國第一。研究生招生120人/年，教育改革創(chuàng)新舉措兩次獲得國家教學(xué)成果二等獎，培養(yǎng)效果顯著，本科升學(xué)率34%，就業(yè)率95%以上。 本科生就業(yè)前景樂觀，就業(yè)遍及飛利浦、GE、西門子、強(qiáng)生、美敦力、羅氏、費(fèi)森尤斯、邁瑞、藍(lán)韻、理邦、廣東省人民醫(yī)院、廣東省中醫(yī)院、南方醫(yī)院、珠江醫(yī)院、南部戰(zhàn)區(qū)總醫(yī)院等知名企業(yè)和三甲醫(yī)院，升學(xué)深造包括了浙江大學(xué)、上海交通大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、中山大學(xué)、美國卡耐基梅隆大學(xué)、美國康涅狄格大學(xué)、英國鄧迪大學(xué)等國內(nèi)外高校。

學(xué)科主要開展醫(yī)學(xué)成像與分析、放射物理、醫(yī)學(xué)儀器、醫(yī)學(xué)信息、生物材料等方向的研究工作。建成教育部工程中心、省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等7個省級以上研究平臺。近五年獲得國家重點(diǎn)基金、國家重大儀器專項(xiàng)、國家科技支撐計劃、科技部十三五重點(diǎn)研發(fā)計劃等國家級項(xiàng)目60多項(xiàng)。研究成果先后獲得國家科學(xué)技術(shù)發(fā)明二等獎1項(xiàng)，國家科技進(jìn)步二等獎1項(xiàng)，省部級獎勵10多項(xiàng)； 年均發(fā)表SCI論文100余篇。醫(yī)學(xué)成像與分析方向研究水平處國內(nèi)領(lǐng)先水平。2017-2019年，在頂刊IEEE Trans. Medical Imaging發(fā)表論文數(shù)量排全球15位，國內(nèi)第3位；在頂刊Medical Image Analysis 發(fā)表論文數(shù)量排全球44位，國內(nèi)第4位。