云南中醫(yī)藥大學(xué)第二臨床醫(yī)學(xué)院前身為針灸推拿康復(fù)學(xué)院，是學(xué)校下設(shè)的二級教學(xué)科研單位，2020 年 7 月與第二附屬醫(yī)院實施了“院院合一“的改革，是醫(yī)教協(xié)同深度融合而成的綜合性特色學(xué)院。目前實行云南中醫(yī)藥大學(xué)第二臨床醫(yī)學(xué)院、針灸推拿康復(fù)學(xué)院、第二附屬醫(yī)院和云南省血栓病醫(yī)院“四塊牌子一套班子”的管理體制和運行機制。

目前承辦針灸推拿學(xué)、康復(fù)治療學(xué)、中醫(yī)康復(fù)學(xué)和中醫(yī)養(yǎng)生學(xué)四個專業(yè)，針灸推拿學(xué)專業(yè)為云南省省級一流專業(yè)、省級特色建設(shè)專業(yè)和省級綜合改革試點專業(yè)。推拿學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局“十二五”中醫(yī)藥重點學(xué)科，針灸學(xué)為云南省省級重點學(xué)科。針灸推拿學(xué)專業(yè)為碩士、博士學(xué)位授權(quán)點，中西醫(yī)結(jié)合康復(fù)學(xué)專業(yè)為碩士學(xué)位授權(quán)點。有本科、碩士、2個辦學(xué)層次。

學(xué)院內(nèi)設(shè)5個職能科室，即黨政辦公室、教學(xué)管理辦公室、學(xué)生工作辦公室、科研及學(xué)科管理辦公室和一個針灸推拿康復(fù)研究所。有 8個教研室即針灸基礎(chǔ)教研室、針灸臨床教研室、實驗針灸教研室、推拿基礎(chǔ)教研室、推拿臨床教研室、康復(fù)治療教研室、中醫(yī)康復(fù)教研室和中醫(yī)養(yǎng)生教研室。

現(xiàn)有教編專任教師57人，醫(yī)療編制員工427人，正高23人，副高69人，博士17人，碩士58人。享受云南省特殊津貼專家1人，云南省名中醫(yī)3人，博士生導(dǎo)師2人，碩士生導(dǎo)師52人。在校學(xué)生2143名，其中本科生1902名，全日制碩士研究生、博士研究生241名。

借助云南省高校針灸推拿防治腦病重點實驗室、云南省高校針灸防治神志病創(chuàng)新團隊、云南省科技廳朱勉生專家工作站和梁繁榮專家工作站等科研平臺，近5年新增國家自然科學(xué)基金項目9項，省部級課題10余項，形成了醫(yī)教研協(xié)同，本、碩、博聯(lián)動的人才培養(yǎng)體系。