云南中醫(yī)藥大學(xué)馬克思主義學(xué)院是學(xué)校獨(dú)立設(shè)置的二級(jí)教學(xué)科研機(jī)構(gòu)，其前身是1962年建立的馬列主義教研組，后更名為馬列主義教研室、馬列主義教研部、社會(huì)科學(xué)部，2003年組建為社科及公共課程部，2011年更名為思想政治理論課教學(xué)研究部，2017年4月27日成立馬克思主義學(xué)院。  

學(xué)院主要承擔(dān)大學(xué)生思想政治理論課教育教學(xué)和馬克思主義理論學(xué)科建設(shè)工作，是云南省思想政治理論課建設(shè)優(yōu)秀等級(jí)學(xué)校、云南省社會(huì)科學(xué)普及基地承建部門，兩次榮獲云南省教育廳德育先進(jìn)集體稱號(hào)。

學(xué)院下設(shè)黨政辦公室、教學(xué)科研辦公室和馬克思主義基本原理、馬克思主義中國化、中國近現(xiàn)代史綱要、道德與法律、形勢(shì)與政策、醫(yī)學(xué)人文六個(gè)教研室，以及中醫(yī)藥優(yōu)秀傳統(tǒng)文化與大學(xué)生思想政治教育協(xié)同創(chuàng)新中心。專任教師中教授4人，副教授16人，博碩占比94%。有云南省高校思想政治理論課教指委2人，云南省思政課教學(xué)名師2人，云南省師德標(biāo)兵1人，教育部教學(xué)能手1人，教育部教學(xué)標(biāo)兵1人。

學(xué)院本著“求真求是，礪言礪行”的院訓(xùn)精神，遵循加強(qiáng)政治引領(lǐng)，對(duì)標(biāo)提升創(chuàng)建，突出特色培育，加大條件保障的總體工作思路，積極做好做精頂層設(shè)計(jì)，做深做廣協(xié)同發(fā)力，做細(xì)做實(shí)內(nèi)部建制，做特做優(yōu)特色發(fā)展，著重落實(shí)五項(xiàng)任務(wù)抓手，一是堅(jiān)持教學(xué)立院，抓實(shí)課程建設(shè)；二是堅(jiān)持人才興院，抓好隊(duì)伍建設(shè)；三是促進(jìn)科研強(qiáng)院，抓好學(xué)科建設(shè)；四是堅(jiān)持政治建院，抓牢黨的建設(shè)；五是創(chuàng)新辦院特色，加強(qiáng)思想政治教育協(xié)同創(chuàng)新及成果產(chǎn)出，全面提升馬克思主義學(xué)院建設(shè)水平。

學(xué)院遵循立足主體、突出特色、錯(cuò)位競(jìng)爭(zhēng)，差異化發(fā)展的學(xué)科建設(shè)思路，立足中國優(yōu)秀傳統(tǒng)文化及地域文化資源和邊疆民族地區(qū)社會(huì)發(fā)展實(shí)踐，在馬克思主義生態(tài)文明理論與邊疆民族地區(qū)社會(huì)發(fā)展、中醫(yī)文化交流傳播及優(yōu)秀傳統(tǒng)文化與大學(xué)生思想政治教育協(xié)同創(chuàng)新育人實(shí)踐方面取得系列研究成果。