藥學院創(chuàng)建于1998年，有藥學、中藥學、臨床藥學、藥物制劑4個本科專業(yè)，藥學一級博士學位授權點，藥學、中藥學2個一級學科碩士授權點和藥學博士后科研流動站，形成了本科、碩士、博士教育為一體的多層次辦學格局。

學院下設基礎與臨床藥理學、藥劑學、藥物化學、天然藥物化學、藥物分析、中藥學、中藥炮制、藥用有機化學8個教研室。擁有省部共建炎癥免疫性疾病國家重點實驗室（在建），抗炎免疫藥理學教育部重點實驗室，安徽省高校創(chuàng)新藥物研究院等實驗平臺。臨床藥學、藥學專業(yè)獲批國家級一流專業(yè)建設點，藥理學與毒理學進入ESI全球排名前1%的學科。2017年，安徽省省屬公辦普通本科高校一流學科獎補項目中，藥理學與毒理學進入世界一流學科，藥學進入國內(nèi)一流學科A類，2019年藥學學科獲得安徽省高峰學科重點項目支持。全國第四輪學科評估中，藥學一級學科獲評B類。

歷經(jīng)23年的發(fā)展，學院在師資隊伍和人才團隊建設方面取得了優(yōu)異的成績?，F(xiàn)有教職工79人，其中教授17人，副教授25人，博士生導師15人，碩士生導師46人，專任教師97%以上具有博士學位。有首批“全國高校黃大年式教師團隊”1項，臨床藥理學國家級教學團隊1項，課程思政國家教學團隊/教學名師1項，教育部骨干教師1名，國家百千萬人才工程1名，教育部新世紀優(yōu)秀人才1名，皖江學者4名，安徽省高校領軍人才2名，安徽省教學名師3名，安徽省學術和技術帶頭人7名，安徽省學術技術帶頭人后備人選5名，獲安徽省杰出（優(yōu)秀）青年基金9名。有多名教師在國內(nèi)學術團體任職，包括教育部高校藥學專業(yè)指導委員會副主任；全國高等學校臨床藥學專業(yè)教材評審委員會副主任委員、中國藥學會理事；中國藥理學會理事；國家食品藥品監(jiān)督管理局藥品、保健品和醫(yī)療器械評審專家、中國藥理學會藥學監(jiān)護專業(yè)委員會副主任委員、中國藥理學會臨床藥理學專業(yè)委員會委員、中國藥理學會生化藥理專業(yè)委員會委員、中國藥學會中藥和天然藥物專業(yè)委員會委員。

近幾年，學院承擔國家自然科學基金、國家重大基礎研究前期（973前期）研究、國家科技部863資助項目、“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項項目等各類自然科學研究項目100余項。先后在《Cancer Letter》、《PNAS》、《Hepatology》、《Nature Reviews Nephrology》等國際著名SCI刊物發(fā)表多篇高水平論文，獲得美國專利、歐洲專利和中國發(fā)明專利多項。

學院以“修身至善、博學悟真、中西兼容、知行并進”為育人理念，踐行知識探究、能力建設和人格養(yǎng)成“三位一體”的人才培養(yǎng)理念，培養(yǎng)學生的創(chuàng)新能力、創(chuàng)新精神和科學作風。注重與國際藥學教育接軌，開展臨床藥學海外培訓計劃，目前30名本科生參與赴美國東北俄亥俄醫(yī)科大學開展交流訪學。學院開展“卓越博士生提升計劃”，自2014年該項目啟動以來，已有10名博士研究生分別前往美國、德國、俄羅斯、澳大利亞等國家的著名高校聯(lián)合培養(yǎng)、訪問交流。近年來，學生培養(yǎng)質(zhì)量穩(wěn)步提高，本科和研究生年就業(yè)率達到95%以上。近年來，在全國各類大學生賽事上屢獲佳績，先后獲得國家級暑期“三下鄉(xiāng)”社會實踐優(yōu)秀團隊，“挑戰(zhàn)杯”全國大學生課外學術科技作品競賽二、三等獎，全國醫(yī)藥院校藥學/中藥學專業(yè)大學生實驗技能競賽連續(xù)五屆獲得特等獎，全國大學生藥苑論壇創(chuàng)新成果一等獎，安徽省大學生職業(yè)生涯規(guī)劃金、銀獎，“互聯(lián)網(wǎng)+”大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽安徽賽區(qū)選拔賽省級銀獎、銅獎，安徽省大學生生物標本制作大賽銀獎、銅獎等。