馬克思主義學院成立于2015年7月，是在原人文社會科學學院與思想政治理論課教研部的基礎上組建的。學院現(xiàn)有5個教研室；學院現(xiàn)有馬克思主義理論一級學科碩士授權點，下設“馬克思主義基本原理”、“馬克思主義中國化研究”、“思想政治教育”三個學科方向。

學院入選安徽省重點馬克思主義學院，是首批“安徽省中國特色社會主義理論體系研究基地”，是安徽省馬克思主義學會秘書長單位及法人代表掛靠單位，擁有“安徽省高校人文社科重點研究基地安徽醫(yī)科大學醫(yī)學人文研究中心”和“馬克思主義哲學研究所”等5個研究所，《安徽日報·思想周刊》與安徽醫(yī)科大學共建基地。