馬克思主義學院前身是1978年成立的馬列教研室，1991年更名為馬列部。2009年更名為思想政治理論課教學部，獨立設置處級領導班子、單列教師編制、獨立財務和辦公場所。2011年12月被評為云南省高校思想政治理論課建設優(yōu)秀等級學校。2016年4月，校黨委決定以思政部為基礎成立“馬克思主義學院”。

學院現有教職工81人，其中專任教師79人，教授7人，副教授18人，講師27人，碩士生導師22人，博士生導師1人。其中博士15人，碩士66人，其中在讀博士13人。另有云南省“萬人計劃”文化名家和教學名師各1人，云南省思想政治理論課教學名師工作室主持人1人。
2017年，西南林業(yè)大學馬克思主義學院被列為云南省首批六家重點馬克思主義學院建設單位之一。同年獲批馬克思主義理論一級學科碩士學位授權點。

學院承擔全校本科生、碩士研究生和博士研究生思想政治理論課的教學任務，現有兩個校級研究中心和七個教研室。兩個中心分別為：習近平新時代中國特色社會主義思想研究中心和生態(tài)文明與綠色發(fā)展研究中心。七個教研室分別為：“思想道德修養(yǎng)與法律基礎”教研室、“中國近現代史綱要”教研室、“馬克思主義基本原理概論”教研室、“毛澤東思想與中國特色社會主義理論體系概論”教研室、“形勢與政策”教研室、思想政治理論課實踐教學中心以及研究生公共政治課教研室。2020年，“思想道德修養(yǎng)與法律基礎”、“馬克思主義基本原理概論”、“毛澤東思想與中國特色社會主義理論體系概論”三門課程先后完成校級私播課建設，“中國近現代史綱要”課程完成校級慕課建設。同年，“中國近現代史綱要”課程成功獲批為省級精品課程，實現了我校省級思政課精品課程認定零的突破。

近五年來，學院承擔國家社會科學基金項目和教育部社會科學基金7項，云南省哲學社會科學規(guī)劃重大項目、一般項目和省教育廳基金等項目20余項，校級黨建思政課題和教學改革項目30余項，各類橫向課題30余項，2016年至2020年，累計到位科研經費突破500萬元。出版學術著作10余部，發(fā)表學術論文160多篇，另有人民日報文章1篇。

目前，學院發(fā)展勢頭良好，正圍繞學?！傲⒆阍颇?、依托西南、面向全國、輻射東南亞”的辦學定位，秉持“樹木樹人、至真至善”的校訓，弘揚“樂山樂水，無怨無悔”的西林精神，本著把思想政治理論課“建設成為大學生真心喜愛、終身受益、畢生難忘的優(yōu)秀課程”的建設目標，以“教學立院、科研興院、人才強院”的辦院理念，以“弘揚主旋律、筑牢主陣地、傳播正能量”為學院精神追求。全體師生秉承“立德弘道，啟智修心”的院訓，以紅色愛國主義教育為底色，以“生態(tài)文明建設和綠色發(fā)展”理論研究為特色，為云南生態(tài)文明排頭兵建設提供智力支持，為建設美麗中國建設貢獻力量！