2000年學(xué)校根據(jù)學(xué)科專業(yè)發(fā)展需要組建現(xiàn)代農(nóng)業(yè)工程學(xué)院，2018年11月與云南省食品安全研究院合并組建為農(nóng)業(yè)與食品學(xué)院。2021年5月根據(jù)國(guó)家農(nóng)業(yè)農(nóng)村現(xiàn)代化和鄉(xiāng)村振興發(fā)展戰(zhàn)略需求和云南省委省政府發(fā)展萬(wàn)億級(jí)高原特色現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展需要及學(xué)校學(xué)科發(fā)展定位，現(xiàn)代農(nóng)業(yè)工程學(xué)院重新獨(dú)立建院。經(jīng)過(guò)多年發(fā)展，農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)科于2021年首次進(jìn)入ESI世界排名前1%，是云南省唯一進(jìn)入ESI世界排名前1%的農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)科，實(shí)現(xiàn)了學(xué)校涉農(nóng)學(xué)科建設(shè)的新突破。

學(xué)院現(xiàn)有教職工32人，專任教師26人，其中正高級(jí)7人，副高級(jí)13人，博士學(xué)位占比80%以上；現(xiàn)有博士生指導(dǎo)教師3人、碩士生指導(dǎo)教師23人；有云南省中青年學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人及后備人才、云南省“千人計(jì)劃”青年人才、云南省“萬(wàn)人計(jì)劃”青年人才共5人。

學(xué)院具有碩士和本科的人才培養(yǎng)體系?，F(xiàn)有1個(gè)校級(jí)重點(diǎn)一級(jí)學(xué)科（農(nóng)業(yè)工程），擁有農(nóng)業(yè)工程一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授予權(quán)，包括農(nóng)業(yè)機(jī)械化工程、農(nóng)業(yè)水土工程、農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程、農(nóng)業(yè)電氣化與自動(dòng)化、農(nóng)業(yè)水土資源與環(huán)境（自設(shè)）5個(gè)二級(jí)學(xué)科方向。擁有1個(gè)機(jī)械類（農(nóng)業(yè)工程領(lǐng)域）專業(yè)學(xué)位授予權(quán)和2個(gè)學(xué)士學(xué)位授予權(quán)，目前學(xué)院設(shè)有農(nóng)業(yè)水利工程和農(nóng)業(yè)機(jī)械化及其自動(dòng)化兩個(gè)本科專業(yè)。

學(xué)院擁有院士工作站（智慧農(nóng)業(yè)）1個(gè)、云南省專家工作站（農(nóng)業(yè)信息化）1個(gè)、云南省高校工程研究中心1個(gè)、云南省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個(gè)、校級(jí)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)及學(xué)科方向團(tuán)隊(duì)3個(gè)。目前，學(xué)院是中國(guó)農(nóng)業(yè)工程學(xué)會(huì)理事單位，云南省農(nóng)業(yè)工程學(xué)會(huì)掛靠單位和理事長(zhǎng)單位。 

學(xué)院堅(jiān)持把思想政治教育貫穿教育教學(xué)全過(guò)程，幫助學(xué)生了解涉農(nóng)學(xué)科發(fā)展動(dòng)態(tài)，培養(yǎng)三農(nóng)情懷和創(chuàng)新實(shí)踐精神。近年來(lái)，獲得"國(guó)家一流課程、云南省虛擬仿真、校級(jí)課程思政等課程多門(mén)"，獲得"校級(jí)教學(xué)成果一等獎(jiǎng)"，獲得"校級(jí)教學(xué)名師1名、云南省優(yōu)秀班主任1名"。自開(kāi)辦以來(lái)，先后為國(guó)家培養(yǎng)了約2000名本科生，培養(yǎng)碩士研究生500余人，本科及研究生就業(yè)率一直保持在95%以上。近年來(lái)，學(xué)院注重大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)能力提升，組織學(xué)生參加國(guó)家和省部級(jí)學(xué)科競(jìng)賽并獲得"國(guó)家級(jí)特等獎(jiǎng)、一等獎(jiǎng)、二等獎(jiǎng)20余項(xiàng)，互聯(lián)網(wǎng)+大賽獲得省級(jí)金獎(jiǎng)4項(xiàng)"。

近年來(lái)，本學(xué)科圍繞國(guó)家重大戰(zhàn)略需求以及解決經(jīng)濟(jì)社會(huì)和行業(yè)領(lǐng)域的實(shí)際問(wèn)題，緊密結(jié)合農(nóng)業(yè)工程領(lǐng)域的工程實(shí)際，按照“工中有農(nóng)、農(nóng)中有工、農(nóng)工交融”的發(fā)展思路，開(kāi)展了前沿科學(xué)問(wèn)題和重大工程問(wèn)題的深入研究，承擔(dān)國(guó)家級(jí)和省部級(jí)科研項(xiàng)目112項(xiàng)，新增合同經(jīng)費(fèi)3616.8萬(wàn)元，獲國(guó)家自然科學(xué)項(xiàng)目40余項(xiàng)（其中面上項(xiàng)目8項(xiàng)）。發(fā)表科技論文852篇，其中SCI和EI檢索論文386篇，授權(quán)發(fā)明專利268件，獲得省部級(jí)科技獎(jiǎng)勵(lì)5項(xiàng)。

學(xué)院堅(jiān)持開(kāi)放辦學(xué)，積極推進(jìn)國(guó)際合作，與國(guó)內(nèi)外一批著名高校、科研院所及企事業(yè)單位有長(zhǎng)期良好合作，在教學(xué)、科研、人才培養(yǎng)等方面與省內(nèi)外建立了18個(gè)教學(xué)科研聯(lián)合基地。

學(xué)院堅(jiān)持“農(nóng)業(yè)科學(xué)研究與工程應(yīng)用結(jié)合、立德樹(shù)人與質(zhì)量提升結(jié)合”的辦學(xué)理念，以立德樹(shù)人為根本，以強(qiáng)農(nóng)興農(nóng)為己任，以培養(yǎng)復(fù)合型拔尖創(chuàng)新的農(nóng)業(yè)工程人才為目標(biāo)，加快智慧農(nóng)業(yè)建設(shè)，推進(jìn)農(nóng)業(yè)農(nóng)村現(xiàn)代化、助力鄉(xiāng)村全面振興，創(chuàng)建國(guó)內(nèi)一流農(nóng)業(yè)工程學(xué)科專業(yè)。