第二臨床醫(yī)學(xué)院溯源于1926年5月創(chuàng)辦的上海私立東南醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)專業(yè)，歷經(jīng)上海東南醫(yī)學(xué)院和安徽醫(yī)學(xué)院醫(yī)療系、安徽醫(yī)科大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)系、第一臨床學(xué)院（第一附屬醫(yī)院）等發(fā)展階段。2014年8月，學(xué)校進(jìn)行臨床醫(yī)學(xué)院體制改革，確立第二臨床醫(yī)學(xué)院（第二附屬醫(yī)院）建制。學(xué)院以第二附屬醫(yī)院為依托，匯聚安徽醫(yī)大最優(yōu)質(zhì)教育教學(xué)資源，實(shí)行“院院合一”體制。

安徽醫(yī)科大學(xué)第二附院醫(yī)院2008年開(kāi)診，2013年在安徽省率先按照原衛(wèi)生部部頒標(biāo)準(zhǔn)通過(guò)國(guó)家三級(jí)醫(yī)院等級(jí)評(píng)審， 2017年初在安徽省首家通過(guò)JCI評(píng)審，成為國(guó)內(nèi)第十家獲得JCI國(guó)際認(rèn)證的學(xué)術(shù)型醫(yī)學(xué)中心醫(yī)院。學(xué)院現(xiàn)有臨床醫(yī)學(xué)“5+3”一體化、臨床醫(yī)學(xué)“5+3”一體化（兒科學(xué)）、臨床醫(yī)學(xué)（五年制）、臨床醫(yī)學(xué)（兒科學(xué)方向）、兒科學(xué)、眼視光醫(yī)學(xué)、麻醉學(xué)、康復(fù)治療學(xué)等8個(gè)專業(yè)（專業(yè)方向），均為安醫(yī)大重點(diǎn)品牌專業(yè)，辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)豐富，師資力量雄厚。2017年學(xué)院組建代表隊(duì)參加華東區(qū)和全國(guó)醫(yī)學(xué)生臨床技能大賽，均取得一等獎(jiǎng)。2018年參賽學(xué)校代表隊(duì)再獲華東區(qū)特等獎(jiǎng)、全國(guó)一等獎(jiǎng)。

截至2020年6月，學(xué)院在校學(xué)生2599人，分別安排梅山路和翡翠路兩個(gè)校區(qū)。學(xué)生日常管理由第二臨床醫(yī)學(xué)院學(xué)生黨總支具體負(fù)責(zé)。總支2014年8月由原第一臨床學(xué)院第二黨總支直接轉(zhuǎn)制而來(lái)?，F(xiàn)有管理隊(duì)伍17人，其中書(shū)記1人（正處級(jí)），副書(shū)記2人（副處級(jí)），輔導(dǎo)員14人，全部具有碩士研究生學(xué)歷，其中高級(jí)職稱5人。學(xué)生管理隊(duì)伍綜合素質(zhì)優(yōu)秀，教育管理業(yè)務(wù)精良，經(jīng)驗(yàn)豐富，作風(fēng)扎實(shí)。近年來(lái)先后8人次獲得全國(guó)輔導(dǎo)員技能大賽二等獎(jiǎng)、華東片區(qū)和安徽省輔導(dǎo)員技能大賽特等獎(jiǎng)、一等獎(jiǎng)，省輔導(dǎo)員年度人物、省大學(xué)生就業(yè)、創(chuàng)業(yè)課程教學(xué)比賽一等獎(jiǎng)，擁有學(xué)校唯一一個(gè)省級(jí)弘揚(yáng)核心價(jià)值觀名師工作室 ——“醫(yī)路同行”心理健康教育工作室。2016年再次獲得省核心價(jià)值觀名師工作室資助。近年總支連續(xù)3次獲得校優(yōu)秀基層黨組織光榮稱號(hào)，連續(xù)多次獲得學(xué)校黨建考核和發(fā)展考核先進(jìn)單位、安全考核先進(jìn)等榮譽(yù)。2019年總支一支部獲批教育部全國(guó)黨建工作樣板支部培育創(chuàng)建單位。

第二臨床醫(yī)學(xué)院溯源于1926年5月創(chuàng)辦的上海私立東南醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)專業(yè)，歷經(jīng)上海東南醫(yī)學(xué)院和安徽醫(yī)學(xué)院醫(yī)療系、安徽醫(yī)科大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)系、第一臨床學(xué)院（第一附屬醫(yī)院）等發(fā)展階段。2014年8月，學(xué)校進(jìn)行臨床醫(yī)學(xué)院體制改革，確立第二臨床醫(yī)學(xué)院（第二附屬醫(yī)院）建制。學(xué)院以第二附屬醫(yī)院為依托，匯聚安徽醫(yī)大最優(yōu)質(zhì)教育教學(xué)資源，實(shí)行“院院合一”體制。

學(xué)院總支多年來(lái)圍繞學(xué)校立德樹(shù)人中心工作，堅(jiān)持以“育優(yōu)秀醫(yī)學(xué)人才，創(chuàng)先進(jìn)總支團(tuán)隊(duì)”為根本，以黨建和思想政治工作為龍頭，以安全發(fā)展為基礎(chǔ)，以學(xué)風(fēng)建設(shè)為主線，以醫(yī)學(xué)人文融通為特色，以服務(wù)學(xué)生立志、立身、立業(yè)為出發(fā)點(diǎn)和落腳點(diǎn)，堅(jiān)持“教育領(lǐng)先，管理從嚴(yán)，服務(wù)到位”，將為黨育人、為國(guó)育才價(jià)值使命融入醫(yī)學(xué)生培養(yǎng)全過(guò)程。近5年來(lái)發(fā)展學(xué)生黨員377人，轉(zhuǎn)正315人，黨員學(xué)生在學(xué)生評(píng)獎(jiǎng)評(píng)優(yōu)中占比超過(guò)80%；共培養(yǎng)輸送2275名合格畢業(yè)生，其中畢業(yè)生黨員610名，年終就業(yè)率均達(dá)到95%以上，黨員畢業(yè)生就業(yè)率100%。畢業(yè)生就業(yè)形勢(shì)好，就業(yè)層次高，得到省內(nèi)外用人單位一致好評(píng)。

總支致力于學(xué)生德、智、體、美、勞全面發(fā)展，在校學(xué)生每年獲得“挑戰(zhàn)杯”、全國(guó)大學(xué)課外學(xué)術(shù)科技作品競(jìng)賽、安徽省運(yùn)動(dòng)會(huì)等省級(jí)以上表彰榮譽(yù)200多項(xiàng)（人次）。2019年，2名在校本科生在國(guó)際期刊共發(fā)表5篇高水平SCI論文； 邱健、沈輝慧、溫誠(chéng)浩3名同學(xué)分別獲評(píng)年度“中國(guó)大學(xué)生自強(qiáng)之星”、“安徽省大學(xué)生年度人物”、“安徽省優(yōu)秀大學(xué)生”。2020屆五年制畢業(yè)生報(bào)考研究生占比97%，其中考研全國(guó)初試達(dá)線率為72.2%，目前學(xué)院共272名應(yīng)屆畢業(yè)同學(xué)被國(guó)內(nèi)外知名院校錄取，研究生錄取率為62.9%。其中68名畢業(yè)生被北京大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、浙江大學(xué)等“985” 、“雙一流”建設(shè)高校錄取。