安徽農業(yè)大學植物保護學院的前身是1960年設于原農學系的植物保護專業(yè)，1973年獨立建系。學院先后創(chuàng)設農業(yè)環(huán)境保護專業(yè)（環(huán)境工程專業(yè)）、應用微生物專業(yè)（生物技術專業(yè)）、環(huán)境科學專業(yè)、生態(tài)學專業(yè)、動植物檢疫專業(yè)。2004年經學校院系、學科調整后更名為植物保護學院。

學院作為安徽省植物病理學會和昆蟲學會理事長單位，現有植物病理學、昆蟲學和生物安全3個系，應用微生物和昆蟲資源利用2個研究所；植物病理學、農業(yè)昆蟲與害蟲防治以及農藥學3個省級重點學科，植物保護一級學科博士學位授權點及農業(yè)昆蟲與害蟲防治、植物病理學、農藥學二級學科碩士學位授權點，資源利用與植物保護專業(yè)碩士學位授權點；植物病蟲害生物學國家重點實驗室合肥研究中心、安徽省綠色農藥研發(fā)與應用工程實驗室、作物有害生物綜合治理安徽省重點實驗室、農業(yè)農村部安徽省遷飛性害蟲雷達監(jiān)測站、植物病蟲害生物學與綠色防控安徽普通高校重點實驗室、農業(yè)農村部農作物品種審定特性鑒定站、安徽省主要農作物品種抗病性研究與鑒定中心、植物保護省級實驗實訓示范中心、安徽省植保技術培訓中心等9個國家級、省部級平臺。學院現有植物保護、動植物檢疫、智慧農業(yè)3個本科專業(yè)，1個本科實驗教學中心，植物保護專業(yè)為國家特色專業(yè)和省一流專業(yè)，動植物檢疫專業(yè)為安徽省綜合改革示范專業(yè)，智慧農業(yè)專業(yè)為學校新農科重點建設專業(yè)。

學院現有教職工67人，教學科研人員53人，其中教授20人，副教授18人，博士學歷教師53人，博士生導師14人，省級“115產業(yè)團隊1個，省級教學團隊1個，國家“知名專家“1人、“有突出貢獻中青年專家”1人，省“知名專家”特聘教授2人，國外引進人才3人，安徽省學術及技術帶頭人（后備人選）4人，安徽省產業(yè)技術體系崗位4人，安徽省教學名師3人，省級教壇新秀2人，享受國務院、省政府津貼2人，省委領導聯系專家1人，全國模范教師1人，全國優(yōu)秀科技工作者1人，安徽省先進工作者1人，省模范教師、省優(yōu)秀教師、省師德先進個人3人。

學院立足研究教學型的辦學定位，堅持“安康天下 崇學事農”院訓，秉承嚴謹求實的學風和團結創(chuàng)新的作風，努力彰顯我校傳統(tǒng)學科的優(yōu)勢與特色。六十年來，學院培養(yǎng)了一大批植物保護高級技術人才。其中，博士和碩士畢業(yè)生600余人，本?？飘厴I(yè)生近7000人，為我省以及國家現代農業(yè)發(fā)展做出了重要貢獻。（截止到2020年12月）