食品科技學院淵源于1921年成立的東南大學農(nóng)產(chǎn)制造門和1927年創(chuàng)辦的中央大學農(nóng)產(chǎn)制造門、食品工業(yè)系，1952年全國院系大調(diào)整，部分師資并入南京農(nóng)學院農(nóng)學系和園藝系。1985年學校在全國農(nóng)業(yè)院校中率先成立了食品科學系，1996年成立食品科技學院。第四輪全國一級學科評估結果中，食品科學與工程學科獲評A類，位居全國第四位。

學院擁有博士學位食品科學與工程一級學科授予權，1個博士后流動站，1個國家重點（培育）學科，1個江蘇省一級學科重點學科，1個江蘇省優(yōu)勢學科，1個江蘇省二級學科重點學科，4個博士點，4個碩士點。擁有1個國家工程技術中心、1個中美聯(lián)合研究中心，1個江蘇省協(xié)同創(chuàng)新中心，1個農(nóng)業(yè)部重點開放實驗室，1個農(nóng)業(yè)部農(nóng)產(chǎn)品風險評估實驗室，1個農(nóng)業(yè)部檢測中心，1個教育部重點開放實驗室，1個江蘇省工程技術中心，8個校級研究室。擁有1個省級實驗教學示范中心，2個院級教學實驗中心（包括8個基礎實驗室和3個食品加工中試工廠）。學院下設食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全3個系，下設食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全3個本科專業(yè)，其中食品科學與工程為國家級特色專業(yè)，入選國家卓越農(nóng)林人才培養(yǎng)計劃、江蘇省重點專業(yè)，生物工程、食品質量與安全為省級特色專業(yè)。目前在校本科生750多人，研究生450余人。

“十二五”以來，學院先后承擔和完成國家自然科學資金、國家“863”、國家“十二五”支撐項目、部省級課題及橫向課題研究150余項；榮獲國家和部省級科技進步獎20多項，獲國家專利100多項，在國際學術刊物上發(fā)表論文600余篇（其中500余篇被SCI、EI等收錄和引用），國內(nèi)學術刊物上發(fā)表論文1000余篇，出版專著10余部，教材20余部。國家一級學會----中國畜產(chǎn)品加工研究會掛靠在本校。學院注重科研成果的開發(fā)與轉化，先后在北京、江蘇、浙江、山東、安徽、江西、甘肅等地開展產(chǎn)學研合作，取得了顯著的社會效益和經(jīng)濟效益。

學院注重拓展海內(nèi)外科技合作關系，曾多次承辦國內(nèi)外大型學術會議，接待美國、日本、加拿大、荷蘭、澳大利亞、韓國等專家教授前來講學，與法國里爾科技大學、法國巴黎高科、俄羅斯圣彼得堡工程大學建立交換留學生關系。除學校所設的各類獎學金外，一批在食品行業(yè)有影響的公司也在學院設立了ADM、新希望六和、桂花鴨、諾維贊、匯湘軒、蘇食等獎學金和獎教金。