首都醫(yī)科大學(xué)建校之初，學(xué)校采取分批建設(shè)，逐步充實(shí)的方針，逐批建設(shè)了基礎(chǔ)課各教研室和實(shí)驗(yàn)室。1963年2月，學(xué)校制定的《北京第二醫(yī)學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)體制暫行條例》中明確提出“為了加強(qiáng)基礎(chǔ)各學(xué)科的領(lǐng)導(dǎo)，在學(xué)院下設(shè)基礎(chǔ)部”。至1966年基礎(chǔ)部建設(shè)完成?！拔母铩逼陂g，基礎(chǔ)部建制被撤消?！拔母铩苯Y(jié)束后，根據(jù)教學(xué)需要，于1973年重新建立了醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)部，1979年更名為基礎(chǔ)部。1994年學(xué)校更名為首都醫(yī)科大學(xué)后，為適應(yīng)學(xué)科建設(shè)與發(fā)展的需求，形成資源共享、優(yōu)勢互補(bǔ)，將所有的學(xué)科進(jìn)行了重新調(diào)整，并于1996年1月23日成立基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院，揭開了我院建設(shè)的新篇章。

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院是校本部規(guī)模最大、學(xué)科最全的學(xué)院之一，是集教學(xué)、科研、學(xué)生管理為一體的綜合性學(xué)院，擔(dān)負(fù)著本科生和研究生基礎(chǔ)課程培養(yǎng)的重任。學(xué)院設(shè)有神經(jīng)生物學(xué)學(xué)系、人體解剖學(xué)與組織胚胎學(xué)學(xué)系、細(xì)胞生物學(xué)學(xué)系、生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)系、生理學(xué)與病理生理學(xué)學(xué)系、病原生物學(xué)學(xué)系、免疫學(xué)學(xué)系、病理學(xué)學(xué)系、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物學(xué)學(xué)系、藥理學(xué)學(xué)系和醫(yī)學(xué)遺傳與發(fā)育生物學(xué)學(xué)系等11個(gè)學(xué)系，1個(gè)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心。學(xué)院擁有生物學(xué)和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)和博士后科研流動(dòng)站，同時(shí)還設(shè)有藥理學(xué)博/碩士培養(yǎng)點(diǎn)。首都醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院現(xiàn)有教職員工290人，其中教授47名、副教授86名。博士生導(dǎo)師59人（其中兼職導(dǎo)師5人），碩士生導(dǎo)師145人（其中兼職導(dǎo)師5人）。學(xué)院現(xiàn)有在讀博士、碩士研究生460人，本科生1900余人。

學(xué)院擁有一批由高水平、復(fù)合型人才領(lǐng)銜的學(xué)科隊(duì)伍，其中不乏中國科學(xué)院院士、教育部“長江學(xué)者獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃” 特聘教授、“國家杰出青年科學(xué)基金”獲得者、“國家優(yōu)秀青年科學(xué)基金”獲得者、教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才、國家及北京市突出貢獻(xiàn)專家、國家及北京市新世紀(jì)百千萬人才工程人選、北京學(xué)者、北京市特聘教授等，多名教授享受政府特殊津貼。學(xué)院注重后備人才隊(duì)伍的培養(yǎng)，為骨干教師量身打造個(gè)性化培養(yǎng)方案，對青年教師進(jìn)行入職培訓(xùn)。分層建設(shè)、可持續(xù)發(fā)展的人才隊(duì)伍為實(shí)現(xiàn)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院跨越式發(fā)展奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

學(xué)院采取“整體推進(jìn)、分段建設(shè)、重點(diǎn)提高、突出特色”的學(xué)科建設(shè)方針，針對不同學(xué)科加以分類指導(dǎo)和分層建設(shè)，努力打造一個(gè)一級(jí)學(xué)科強(qiáng)大、二級(jí)學(xué)科齊全的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。首都醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科現(xiàn)為一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，北京市重點(diǎn)學(xué)科和博士后流動(dòng)站。2019年5月16日，首都醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科獲評(píng)為北京市教育委員會(huì)北京高校高精尖建設(shè)學(xué)科。學(xué)科目前涵蓋11個(gè)二級(jí)學(xué)科，其中3 個(gè)學(xué)科進(jìn)入ESI前5‰，2 個(gè)學(xué)科進(jìn)入ESI前1%，擁有1個(gè)省部共建國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地、2個(gè)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（心血管重塑疾病、神經(jīng)變性疾?。?、4個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和2個(gè)北京市協(xié)同創(chuàng)新中心。

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院承擔(dān)著基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)課程以及醫(yī)學(xué)相關(guān)生物課程的教學(xué)、教改、教材建設(shè)、課程建設(shè)、教學(xué)研究等任務(wù)。學(xué)院以“抓質(zhì)量、育名師”為教育教學(xué)建設(shè)的主要目標(biāo)，深入開展質(zhì)量工程建設(shè)，努力實(shí)現(xiàn)“謀教學(xué)質(zhì)量之排頭，創(chuàng)一流大學(xué)之基礎(chǔ)”的奮斗目標(biāo)。學(xué)院擁有“神經(jīng)生物學(xué)”、“生理學(xué)”2門國家級(jí)精品課程；“醫(yī)學(xué)細(xì)胞生物學(xué)”1門國家級(jí)雙語教學(xué)示范課程；“人體寄生蟲學(xué)”、“醫(yī)學(xué)免疫學(xué)”、“人體解剖學(xué)”、“細(xì)胞生物學(xué)”、“生物化學(xué)”、“醫(yī)學(xué)機(jī)能學(xué)實(shí)驗(yàn)”6門北京市級(jí)精品課程；學(xué)院擁有生理學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、神經(jīng)生物學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)2個(gè)國家級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)，免疫學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè)北京市級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)；學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心為國家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心；學(xué)院擁有徐群淵教授1位國家教學(xué)名師，安云慶、安威、諸欣平、劉慧榮、王偉教授5位北京市教學(xué)名師；諸欣平教授榮獲北京市人民教師提名獎(jiǎng)；劉慧榮教授領(lǐng)銜的生理學(xué)與病理生理學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)獲批首批全國高校黃大年式教師團(tuán)隊(duì)。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)專業(yè)獲批為2019年度北京市一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。2019年9月，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院榮獲 “全國教育系統(tǒng)先進(jìn)集體獎(jiǎng)”榮譽(yù)稱號(hào)。

學(xué)院倡導(dǎo)科研強(qiáng)院之風(fēng)，堅(jiān)持學(xué)術(shù)興院之路，注重整合多學(xué)科資源，走基礎(chǔ)-臨床相結(jié)合的聯(lián)合攻關(guān)之路，發(fā)揮學(xué)校的臨床優(yōu)勢，不斷提高申報(bào)重大項(xiàng)目（點(diǎn)）的能力，推動(dòng)科學(xué)研究不斷向更高層次邁進(jìn)?！笆濉捌陂g，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院共獲得省部級(jí)及以上項(xiàng)目176項(xiàng)，總資助經(jīng)費(fèi)11286余萬元。學(xué)院獲批國家科技部重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目1項(xiàng)，承擔(dān)科技部重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃課題8項(xiàng)。獲批國家自然科學(xué)基金107項(xiàng)，經(jīng)費(fèi)6705萬元（其中杰出青年科學(xué)基金1項(xiàng)，重點(diǎn)項(xiàng)目1項(xiàng)，重大研究計(jì)劃3項(xiàng)，聯(lián)合基金項(xiàng)目1項(xiàng)）。學(xué)院承擔(dān)獲批市基金-市教委聯(lián)合資助項(xiàng)目17項(xiàng)，市教委提升計(jì)劃1項(xiàng)。學(xué)院承擔(dān)市教委重點(diǎn)專項(xiàng)1項(xiàng)，市教委科技創(chuàng)新服務(wù)能力建設(shè)人腦保護(hù)高精尖創(chuàng)新中心課題骨干5名。承擔(dān)北京市科委各類項(xiàng)目9項(xiàng)。獲批北京市自然科學(xué)基金52項(xiàng)，經(jīng)費(fèi)1005萬元。發(fā)表SCI學(xué)術(shù)論文528余篇，總影響因子2012，影響因子5分以上111篇，最高影響因子14.71；獲得獲省部級(jí)、協(xié)會(huì)科技獎(jiǎng)項(xiàng)5項(xiàng)，其中中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)三等獎(jiǎng)1項(xiàng)，華夏醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)1項(xiàng)。授權(quán)專利16項(xiàng)，專利成果1項(xiàng)轉(zhuǎn)化中。

學(xué)院十分重視國內(nèi)外的交流與合作，先后與美國、英國、法國、德國、日本、奧地利、瑞典、香港等國家和地區(qū)的大學(xué)和科研機(jī)構(gòu)開展項(xiàng)目合作、人員交流、聯(lián)合舉辦國際會(huì)議等；與美國西北大學(xué)、英國卡迪夫大學(xué)、紐約州立大學(xué)布法羅分校、奧地利歐亞太平洋學(xué)術(shù)網(wǎng)絡(luò)、瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學(xué)院、香港中文大學(xué)等建立了交流合作關(guān)系。

歲月如梭，征程漫漫，展望未來，任重道遠(yuǎn)?；A(chǔ)醫(yī)學(xué)院全體師生正以飽滿的熱情和只爭朝夕的精神為實(shí)現(xiàn)“高水平研究型醫(yī)科大學(xué)”的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院而努力奮斗?！?/span>