基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的前身是基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部，成立于1958年，2004年7月更名為基礎(chǔ)學(xué)院，2018年11月更名為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。下轄生物醫(yī)學(xué)工程系、10個(gè)教研室、5個(gè)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心，設(shè)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所及免疫研究所。擁有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)；基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)；擁有省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科、省級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

學(xué)院匯聚珠江學(xué)者、羊城學(xué)者、南山學(xué)者、省優(yōu)秀青年骨干教師、南粵優(yōu)秀教師、市優(yōu)秀教師、教學(xué)名師等一批優(yōu)秀教師，承擔(dān)本校博士、碩士、本科等多個(gè)層次的醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)及專(zhuān)業(yè)課教學(xué)，同時(shí)承擔(dān)國(guó)家級(jí)、省部級(jí)及市廳級(jí)等不同級(jí)別的科研項(xiàng)目。

近三年間，通過(guò)“外引內(nèi)培、引育結(jié)合”的方式打造高素質(zhì)師資隊(duì)伍，全職引進(jìn)海內(nèi)外高層次人才；重視引進(jìn)人才的培養(yǎng)與發(fā)展，近年學(xué)院5名引進(jìn)人才獲得“珠江學(xué)者”人才稱(chēng)號(hào),1名引進(jìn)人才獲得“嶺南英杰工程后備人才”稱(chēng)號(hào)；積極引導(dǎo)和激勵(lì)教師開(kāi)展教育教學(xué)研究與改革，培育校內(nèi)各層次“南山學(xué)者”，為教育教學(xué)改革的深入開(kāi)展增添新生力量。

圍繞培養(yǎng)具有人文情懷、國(guó)際視野、創(chuàng)新精神和實(shí)踐能力的復(fù)合型人才目標(biāo)，學(xué)院從提升師資教學(xué)能力及拓展學(xué)生國(guó)際視野著手，探索2+2辦學(xué)模式，不斷擴(kuò)大與世界各地高水平院校的合作及交流；以學(xué)生綜合素質(zhì)、學(xué)習(xí)能力及實(shí)踐能力培養(yǎng)為目標(biāo)，創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)化教學(xué)資源，廣泛開(kāi)展人文素養(yǎng)、政治思想教育及各項(xiàng)理論實(shí)踐教學(xué)改革，先后獲得省級(jí)教學(xué)研究項(xiàng)目、省市教學(xué)成果獎(jiǎng)十余項(xiàng)，建成國(guó)家級(jí)虛擬實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、國(guó)家級(jí)精品共享課程培育項(xiàng)目、省級(jí)視頻公開(kāi)課及示范課程、省級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心及大學(xué)生創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，為各專(zhuān)業(yè)學(xué)生的優(yōu)質(zhì)教學(xué)奠定了良好基礎(chǔ)，指導(dǎo)學(xué)生先后在全國(guó)及省級(jí)大學(xué)生學(xué)科及專(zhuān)業(yè)技能大賽中獲得特等獎(jiǎng)、一、二等獎(jiǎng)多項(xiàng)。

2015年6月，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)（免疫學(xué)）納入市重點(diǎn)學(xué)科、廣東省高水平大學(xué)重點(diǎn)學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目。2016年3月，依托于病理生理學(xué)學(xué)科的泛素-蛋白酶體修飾與降解實(shí)驗(yàn)室獲批廣東省教育廳重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2018年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)獲批一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，生物醫(yī)學(xué)工程獲批一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。2018年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)科獲批為廣州市重點(diǎn)學(xué)科，一級(jí)學(xué)科基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)入選“沖一流、補(bǔ)短板、強(qiáng)特色”提升計(jì)劃重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科。2019年廣東省蛋白質(zhì)修飾與降解重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室成功獲批成為廣東省科技廳蛋白質(zhì)修飾與降解重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、廣州市科技局蛋白質(zhì)修飾與降解重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。共建附屬醫(yī)院的科技競(jìng)爭(zhēng)力和臨床排名明顯提升，研究生培養(yǎng)質(zhì)量明顯提高。